Az ELTE Régészettudományi Intézet 1990-ben alakult meg a Régészeti Tanszék utódaként. Első vezetője Bóna István volt, akit Szabó Miklós követett 1995-ben, majd Raczky Pál 2005-ben, és  Borhy László 2014 és 2018 között. 2018-tól a megbízott intézetigazgató Vida Tivadar.

Az Intézet négy tanszékből áll (Őskori és Elő-Ázsiai Régészeti Tanszék, Ókori Régészeti Tanszék, Népvándorlás kori és Középkori Régészeti Tanszék, Archeometria, Régészeti Örökség és Módszertan Tanszék), hozzá tartozik a közös könyvtár, ill. önálló részei a laborok és régészeti gyűjtemények.

1999 óta az Intézet munkáját az MTA-ELTE Interdiszciplináris Régészettudományi Kutatócsoport is segíti.