A mesterképzés (MA) filozófiája alapvetően eltér az átfogó és áttekintő jellegű alapképzéstől. Ebben a négy félévben előtérbe kerül a hallgatók egyéni munkája, amely képessé teszi őket egy tudományosan magas szintű szakdolgozat megírására. Minden hallgatónak egy fő és egy mellék szakterületet kell választania. A fő szakterületen változatos tematikájú előadásokat, hozzá tartozó szemináriumokat, valamint a szakdolgozat elkészítését segítő szakdolgozati szemináriumokat kell elvégezni, melyet szabadon választott tanegységek egészítenek ki. Az általános régészképzés része a múzeum munkát előkészítő Régészeti muzeológia és a Múzeumi gyakorlat, valamint az ásatási gyakorlat. A képzést szakdolgozat és államvizsga zárja.