Az ELTE Régészettudományi Intézete hagyományai és a keretei között folyó graduális képzés értékelése alapján 1993-ban alakult meg a régészeti doktori program, amely már az első alkalommal akkreditálva lett. Ez azt jelenti, hogy az itt oktatott hét szakágon (őskori, római kori, népvándorláskori, középkori régészet, továbbá klasszika archeológia, az ókori Elő-Ázsia régészete és archeometria) a Történelemtudományi Doktori Iskolához tartozó önálló doktori program keretében indulhatott meg a képzés. Első vezetője az 1993/94-es tanévtől Bóna István volt, akinek örökébe 2000-től Szabó Miklós, majd Borhy László lépett. Tekintve, hogy a program szakmai bázisát adó intézményi és oktató háttér rendkívül széles alapokon nyugszik, az itt tanuló doktoranduszok számára az alábbi témakörökben folyik szervezett képzés: ősrégészet, ókori görög–római régészet (klasszika archeológia), a római provinciák régészete, népvándorláskori régészet (kora középkori régészet), középkori régészet, kora újkori régészet (török kori régészet), ókori Elő-Ázsia régészete, archeometria és régészeti állatan (archaeozoológia).

A Régészeti Doktori Program az alábbi külföldi intézetekkel ápol szoros kapcsolatokat: Museum für Vor- und Frühgeschichte (Frankfurt am Main), University of Newcastle upon Tyne/Durham University, Centre Européen d’Archéologie du Mont-Beuvray, Comité Régional de la recherche archéologique de Bourgogne, Université de Bourgogne (Dijon; Section d’Histoire, de l’Art et d’Archéologie), Université de Franche-Comté (Besançon), Universitat de Barcelona (Departament de Filologia Llatina), Universidad de Zaragoza (Departamento de Historia de la Antigüidad), Westfälische-Wilhelms-Universität (Münster; Seminar für Alte Geschichte und Epigraphik) és Universitá degli Studi di Bologna (Instituto di Archeologia).