A Népvándorlás kori és Középkori Régészeti Tanszéken belül a középkor szakirány a nevében rejlő korszakhoz képest valamivel tágabb időszak kutatásával foglalkozik. Részben a tanszék, de mindenképpen a szakirány megálmodója és kezdeti formájának kialakítója, Kubinyi András professzor, kezdettől fogva kiemelten kezelte a klasszikus, Magyarországon 1526. augusztus 29-én záródó középkoron túli korszakot is, amit általánosan kora újkornak nevezünk. Ennek megfelelően jelenleg a középkori szakirány által oktatott időszak a keresztény magyar állam alapításának pillanatától, vagyis az 1000. évtől indul és II. József haláláig, vagyis 1790-ig tart. Ezen belül a szakirány minden régészeti módszerekkel előkerülő ingó és ingatlan, vagy akár álló épített emlékek kutatását és kutatási módszertanának oktatását végzi.

A szakirány oktatása – a többihez hasonlóan – alapvetően két területen történik. Az elméleti képzés az órákon (szemináriumokon és előadásokon), míg a gyakorlati a kötelezően előírt tanásatásokon. Az elméleti oktatás rendje a BA és az MA szinten egyaránt tematikus és nem kronologikus jellegű. Ennek megfelelően külön-külön félév jut a város és kézművesség, a falvak, a várak és rezidenciák, az egyházi régészet, a középkori anyagi kultúra és a kora újkor témakörökre. A mesteri képzésen belül további részletekbe menően tárgyalunk kisebb, kiemeltebb témákat, mint például a kályhásságot, a temetkezéseket vagy az épületrégészetet.

A terepi oktatás egyik feltétele a hosszabb távú, saját oktatóink által irányított ásatások megléte. A szakirány kezdetétől, több mint húsz éven keresztül Visegrád szolgált ilyen helyszínként, ahol Laszlovszky József és Buzás Gergely vezetésével zajlottak a ferences kolostor feltárásain, nem egy szakdolgozatot eredményezve. Az elmúlt évtizedben – számos rövidebb feltárás mellett – több lelőhely is szolgált hosszabb távú ásatási gyakorlat helyszíneként. Itt említhető meg Szécsény-Belváros, Solymár-Vár, Drégelyvár, Csíkvacsárcsi-Sándor-udvarház, Sáska-Bakonyszentjakab stb.

A jelenlegi tanásatások egyik kimondatlan feladata a hallgatók megismertetése a középkori és kora újkori anyagi kultúra és építészet összeurópai összefüggéseire és kapcsolataira. Éppen emiatt fontos szempont a jelenlegi Magyarország határon kívül való tanásatások megszervezése. Ennek megfelelően a mostanában induló vagy már évek óta tartó feltárásaink egy része nemzetközi együttműködés keretében zajlik. A hivatalos tanásatások közül első helyen a már több idényt is megérő Zólyom-Pusztavár és Csábrág vára említendő meg. Emellett több alkalommal Fülek vára is szolgált feltárási módszertan oktatási helyszíneként. A legújabb célkitűzésünk a két, 2017-ben indult együttműködési program állandósítása: ez Château de Boves (Franciaország) és Klingenmünster-Schlössel (Németország).